Deze serie volgt jonge trainers in de regio Kalos terwijl ze op een avontuurlijke reis gaan om badges te verzamelen en deel te nemen aan de Pokémon League. Naast de wedstrijden duiken ze in een dieper mysterie rond legendarische Pokémon en een gevaarlijke organisatie die hun kracht wil uitbuiten. Het is een verhaal over vriendschap, groei en verantwoordelijkheid, waarbij de band tussen mensen en Pokémon wordt benadrukt.
X und seine Freunde erreichen Illumina City, die riesige Metropole im Herzen der Kalos-Region. In ständiger Furcht vor neuen Angriffen ihrer Widersacher erreichen sie endlich Professor Platans Labor… Wieder kommen die Jugendlichen dem Geheimnis der Mega-Entwicklung etwas näher, doch wird ihnen erneut vor Augen geführt, dass sie weit davon entfernt sind, sich in Sicherheit wiegen zu können!
Wird sie aktiviert, werden alle Lebewesen in Kalos ausgelöscht – die sogenannte Ultimative Waffe, ein 3000 Jahre altes Relikt des Schreckens. X hat das Geheimversteck von Team Flare entdeckt: Nachdem er in das unterirdische Hauptquartier eindringt, dauert es nicht lange, bis es zum Showdown mit Flordelis kommt. Es scheint nur eine Methode zu geben, um dessen grausames Vorhaben aufzuhalten…
Als X und seine Freunde den Luftweg einschlagen, werden sie von einer Gruppe von Himmelstrainern attackiert – ihr Hubschrauber muss notlanden! Wieder auf dem Boden entschließen sich die Jugendlichen, ihr Schicksal selbst in die Hand zu nehmen und ihre Gegner anzugreifen. In einem Wald stoßen sie auf ranghohe Mitglieder von Team Flare und auf deren Gefangene – die als vermisst geltenden Menschen aus Escissia, der Heimatstadt der fünf Freunde…