Deze serie volgt twee jonge katten-ninjas, de laatsten van hun clan, die vechten om te overleven. Ze spannen samen met een dappere samurai-vriend wanneer hij onterecht van moord wordt beschuldigd. Samen moeten ze een complot ontrafelen en zijn naam zuiveren, in een spannend avontuur vol actie, loyaliteit en veerkracht.
Koťata Airi a Čie jsou vše, co zbylo z kočičího ninja klanu. Přežívají jen díky trikům a shovívavosti jejich přítele šiba samuraje Sena. Když je však nespravedlivě obviněn z vraždy, je na nich, aby se vydaly po stopách tajemného vraha a pokusily se Sena očistit.
Po celém Japonsku dochází ke stále častějším útokům Tenguů. bohužel nejsou jediný problém, se kterým se musí Miku, coby nově jmenovaný šógun, vypořádat. Psí samurajové velmi lpí na tradicích a jen velmi těžce nesou, že jejich řady rozšířila kočičí trojice Airi, Čie a Šisan. Nevraživost psů a koček má ale patrně daleko hlubší kořeny, než si kdokoliv chce připustit, a Miku nezbývá než řešit jeden problém po druhém.