Synthese und Evaluierung von fluorophormarkierten Nukleotiden und Oligoribonukleotiden

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In der vorliegenden Arbeit wurden zwei Projekte bearbeitet. Zunächst wurden chemische Primerverlängerungsreaktionen mit fluorophormarkierten Nukleotiden untersucht. Diese enzymfreie Variante der Replikation nutzt kurze, 3'-aminoterminale Oligonukleotide (Primer), die auf einem DNA-Templatstrang mit Aktivestern von Mononukleotiden umgesetzt werden. Der sequenzspezifische Einbau des Nukleotids erfolgte, wenn die Kernbase komplementär zur Templatbase war. Neu synthetisierte Derivate von 3'-Acylamido-2',3'-dideoxynukleotiden mit BODIPY-Farbstoffen wurden charakterisiert, um die Reaktion zur optischen Auslesung von Sequenzinformationen zu nutzen. Eine Herausforderung war die Durchführung der chemischen Primerverlängerungsreaktionen auf Oberflächen, die ortsspezifisch ausgelesen werden können. Tests auf Glas-, Gold- und Partikeloberflächen zeigten, dass hohe Fluoreszenz-Hintergrundsignale durch Adsorption von Monomeren verursacht werden. Die besten Ergebnisse wurden auf Sepharose-Partikeln erzielt, wo das Fluoreszenzsignal deutlich über dem Hintergrund lag. Im zweiten Projekt wurde die synthetische RNA untersucht, um die Immunstimulation bei der Gabe genexpressionsregulierender Sequenzen zu reduzieren. Eine Kombination aus 2'-Desoxyriboseresten und einer Methylgruppe an der 5-Position der Pyrimidine zeigte das Potenzial, die immunstimulierenden Nebenwirkungen zu verringern. Der Einsatz von Thymidin anstelle von Uracil in RNA-Duplexe